据统计，2020年疫情期间，仅湖北省就有上百万人次使用连花清瘟，并在火神山医院、雷神山医院及武汉所有方舱医院中被广泛使用。湖北省、黑龙江省等多省市将连花清瘟胶囊/颗粒作为储备用药，国家工业和信息化部将其列为疫情防控重点保障物资。2020年8月，新疆疫情散发，乌鲁木齐市政府紧急采购并连夜向全市市民免费发放抗疫药品连花清瘟胶囊用于全区防控。2022年2月23日，由工业和信息化部牵头，以岭药业紧急调配，捐赠约1680万港元的防疫物资，包括20万盒连花清瘟胶囊，支援香港疫情防控。

　　“连花清瘟胶囊预防新型冠状病毒肺炎”真实世界研究论文被国际学术期刊《循证补充和替代医学》刊发，该研究选取1976例与新冠肺炎感染者有密切接触的受试者，分为连花清瘟治疗组(1101例)和对照组(875例)，两组受试者分别接受连花清瘟胶囊(4粒/次，3次/天)治疗和常规医学14天观察，并于14天后检测鼻咽拭子核酸检测阳性率。研究结果显示，隔离医学观察期间(14天)治疗组核酸检测阳性率为0.27%，对照组为1.14%；二次密切接触者中，治疗组核酸检测阳性率为0.09%，对照组为0.71%。服用连花清瘟治疗组都显著低于对照组。在医学隔离观察期间，对于核酸检测阳性患者，连花清瘟治疗组的症状发生率显著低于对照组，特别是能显著降低发热的发生率。

　　论文《连花清瘟对新型冠状病毒具有抗病毒、抗炎作用》被国际期刊《药理学研究》评选为2019-2020年度全球优秀论文奖

　　连花清瘟组合为一个创新药物，可以发挥卫气同治，表里双解；先证用药，截断病势；整体调节，多靶治疗的作用。

　　创新应用红景天。连花清瘟中还有关键的一味药是红景天，这在现代其他治疗外感热病，如感冒、流感、新冠的中成药中是没有的。红景天生长在高寒、高海拔的青藏高原，具有耐高寒、耐缺氧的生长特性，可以提高人体抗疲劳、耐缺氧能力，应对新冠肺炎普遍表现的乏力、气短、血氧含量低造成的多脏器损害。同时红景天的增强免疫作用可以改善患者淋巴细胞及亚群偏低造成的机体抗病能力下降，所以可以提高抗病能力与康复能力。

　　2009年甲型H1N1流感大流行，首都医科大学附属北京佑安医院联合九家甲型流感收治医院，开展了“连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流行性感冒”的循证医学研究，研究结果证实连花清瘟胶囊在抗病毒作用方面与奥司他韦没有差异，在缓解流感症状，特别是退热和缓解咳嗽、头痛、肌肉酸痛和乏力等症状方面，连花清瘟优于奥司他韦。

　　国内外应用广泛的 “三方三药”代表

　　三朝名方融合而成的创新药物

　　连花清瘟不仅在国内抗疫中发挥了重要作用，而且为海外抗疫提供了中国方案，获得了海外的一致赞誉。截至目前，连花清瘟已在巴西、菲律宾、印度尼西亚、加拿大、柬埔寨等近三十个国家和地区获准上市，成为中药进入国际抗疫前线的有效药物。

　　麻杏石甘汤和银翘散两个药方针对疫病发热、咳嗽、喘促用药。现代药理研究发现，两个药方都具有良好的退热、止咳、抗炎、抗病毒作用。辛凉宣肺与泄热，可以解决患者体温持续不降的问题；清肺止咳平喘，可以改善患者的咳嗽不止，呼吸困难；抗炎抗病毒作用可以抑制病毒的复制，抑制病毒感染引起的系统性炎症反应。

　　当天津散发疫情时，有关专家指出，连花清瘟对于奥密克戎变异株的治疗同样取得了良好效果，获得了宝贵的临床应用经验，并建议推广应用于奥密克戎的疫情防控中。

　　应用大黄独具特色。汲取明代吴又可治瘟疫用大黄的经验是连花清瘟的一大特点，中医认为，肺与大肠相表里，清肺热必须让邪有出路，大黄恰恰能发挥让“疫毒”从大便排出的作用；使用大黄另一价值在于先证用药，截断病势。明代吴又可曾指出：瘟疫治疗宜在人体正气未衰之时，及早攻逐邪气，应用通便的大黄，截断病情向危重传变。现代药效研究证实大黄具有抑制肺部炎症，改善肺功能作用。

　　自2019年底新冠肺炎发生以来，国内很多科研院所开展了一系列连花清瘟防治新冠肺炎、预防转重症方面的基础和临床研究。广州呼吸健康研究院、呼吸疾病国家重点实验室在国际药理学界主流期刊《药理学研究》发表的《连花清瘟对新冠病毒具有抗病毒、抗炎作用》研究证实，连花清瘟通过抑制病毒复制、抑制宿主细胞炎症因子表达，从而发挥抗新冠病毒活性的作用。最新研究还发现，无论是对Alpha、Beta，还是Delta等变异株，连花清瘟都显示了稳定的体外抗病毒作用。